მიხეილ ნინუას გააჩნია სახელმწიფო და კერძო სტრუქტურებში საქმიანობის მრავალწლიანი გამოცდილება. 2005-2006 წლებში საქმიანობდა საგარეო საქმეთა სამინისტროს საკონსულო დეპარტამენტში; მას შემდეგ ეკავა საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების მინისტრის მოადგილის, საქართველოს პრეზიდენტის ადმინისტრაციის უფროსის მოადგილის, საქართველოს პრეზიდენტის ადმინისტრაციაში მოქალაქეთა კონსტიტუციური უფლებების უზრუნველყოფის სამსახურის უფროსის თანამდებობები. მიხეილ ნინუა სხვადასხვა დროს გახლდათ ფოთის პორტის სამეთვალყურეო საბჭოს წევრი, შპს „საქართველოს რკინიგზის“ სამეთვალყურეო საბჭოს თავმჯდომარის მოადგილე.
2010 წელს საქმიანობა განაგრძო კანადურ-ბრიტანულ ნავთობსაძიებო კომპანია „თეტჰყს Pეტროლეუმ Lიმიტედ” – ში, სადაც ჯერ ტაჯიკეთში არსებული კომპანიის წარმომადგენლობას ხელმძღვანელობდა, ხოლო 2013 წლიდან 2016 წლამდე წარმოადგენდა ზემოთაღნიშნულ კომპანიას ყაზახეთის რესპუბლიკაში.
2015-2017 წლებში გახლდათ ტაჯიკეთის რესპუბლიკის ნავთობ-საძიებო კომპანიის „შკყლანდ Pეტროლეუმ Gროუპ” საოპერაციო დირექტორი; 2017 წლიდან კი, კომპანია „Aვენუე ჩონსტრუცტიონ Gეორგია”-ის დირექტორი.
2007 წელს მინიჭებული აქვს საგანგებო და სრულუფლებიანი დესპანის დიპლომატიური რანგი. მიხეილ ნინუა მინისტრის მოადგილის რანგში საქმიანობას 2018 წლის 5 ნოემბრიდან შეუდგება.
